Die zweite Vorlage, der Gesetzesentwurf «Terrorismus und organisierte Kriminalität», verbietet unter anderem die „Unterstützung von und aktive Beteiligung an ‚terroristischen Organisationen‘“. Zuwiderhandlungen sollen deutlich schärfer bestraft werden als bisher.
Kritisiert wird an dieser Vorlage, dass die Einstufung als „terroristische Organisation“ neu richterlichem Ermessen unterstellt würde – nicht wie bisher dem Gesetzgeber, der sich dabei an den Vereinten Nationen orientiert. Dies erhöhe die Gefahr von willkürlichen und regional uneinheitlichen Entscheiden. Schliesslich sei nicht jede Gruppierung, die gegen ihren Staat opponiert, a priori terroristisch. Es gebe auch legitimen Widerstand, gerade in Staaten, in denen die Rechtsstaatlichkeit untergraben wird. Dem trage der Gesetzesentwurf keine Rechnung.
Ein weiteres Problem sehen NGOs im vorgesehenen Verbot, terroristische Organisationen zu unterstützen. Dies könnte für humanitäre Organisationen zum Problem werden, die sich in Konflikten unparteiisch verhalten und auch Widerstandsgruppen Hilfe leisten. Dies komme einer Kriminalisierung von humanitärer Hilfe gleich, kritisiert etwa Amnesty International Schweiz.
Einen detaillierten Überblick zu den Kritikpunkten gibt die Zusammenstellung Anträge «Terrorismus und organisierte Kriminalität» der NGO-Plattform Menschenrechte Schweiz.
Die Gesetzesentwürfe werden zurzeit im Parlament behandelt. Der Ständerat hat beiden Vorlagen mit Anpassungen zugestimmt. Nun obliegt es dem Nationalrat, die Vorlagen menschenrechtskonform auszugestalten.